Holzkirchen-området var allerede beboet i den tidlige bronzealder, og Holzkirchen blev første gang omtalt som et marked i det 13. århundrede. Åbningen af jernbanelinjen i 1857 fik stor betydning for byen, som stadig er godt forbundet i dag med store veje (A8, B13) og tog (S-Bahn linje S7, BRB, Meridian), der forbinder Holzkirchen med det omkringliggende område og den bayerske hovedstad.

Bebyggelsen spænder fra moderne parcelhuse til landbrugsbedrifter, en vellykket blanding af tradition og modernitet. En bred vifte af børnepasnings- og uddannelsesfaciliteter præger byen i dag, fra vuggestuer til et gymnasium og en erhvervsskole. Over 100 klubber tilbyder også fritidsaktiviteter og spiller en aktiv rolle i udformningen af samfundslivet.